Segundo denúncia do Sindicato da categoria, o IPA vem sofrendo desde 2017 uma ingerência política muito forte e agravando-se recentemente com o secretário de Desenvolvimento Agrário e o presidente do Instituto. De acordo com o Sintape, ambos vem fazendo um sério ataque aos trabalhadores por questão de perseguição política, nos escritórios municipais da instituição.

Em uma regional, por exemplo, ocorreram quatro transferências dos funcionários do IPA: 01 de Tupanatinga, 01 de Pedra e 02 de Manari. Em Tupanatinga e Manari houve a retirada dos funcionários do Instituto que estavam lotados nesses municípios e substituídos por técnicos das prefeituras destes municípios.

Não se sabe de que forma esses técnicos das prefeituras estão nos escritórios do IPA, nem o convênio entre a Prefeitura e o Estado que permitiu a cedência destes técnicos para assumir a vaga dos efetivos do Estado. O Sintape questiona o formato dessas transferências e exige, através de ofício ao Ministério Público do Trabalho, que o Governo do Estado tome providências.